Cuộc đời James Edwards bỗng chốc thay đổi khi tình cờ trông thấy sự xuất hiện của người ngoài hành tinh. Điều này đưa anh đến với MIB - tổ chức bí mật chuyên quản lý, giám sát hoạt động của người ngoài hành tinh trên Trái Đất. Tại đây, anh trở thành Đặc vụ J, được dìu dắt bởi K, một đặc vụ dày dặn kinh nghiệm. Cùng lúc đó, một sinh vật ngoài hành tinh xuất hiện tìm kiếm nguồn năng lượng siêu phàm có tên Thiên Hà. J và K buộc phải hợp sức ngăn chặn âm mưu đen tối này trước khi Thiên Hà rơi vào tay kẻ xấu....

Đặc vụ K chọn cuộc sống ẩn dật sau khi hoàn thành nhiệm vụ, trong khi đó J vẫn miệt mài cống hiến cho MIB và nỗ lực tìm kiếm cộng sự mới cho mình. Nguy cơ ập đến khi một tên tội phạm nguy hiểm từ hành tinh Kylothia đang lẩn trốn, đe dọa sự an toàn của Trái Đất và các thiên hà. Tình hình cấp bách, J quyết định đưa K trở lại tổ chức, tái hợp bộ đôi huyền thoại để chống lại kẻ thù mới....