Ở phần trước, trong khi trốn thoát khỏi sự săn lùng của W.C.K.D, Minho đã bị bắt đi và đưa về sào huyệt Last City. Không chấp nhận mất thêm thành viên, trong phần này cư dân Trảng Cỏ với sự lãnh đạo của Thomas quyết định sẽ tấn công vào sào huyệt để cứu người. Đây sẽ là thử thách nguy hiểm nhất mà nhóm bạn phải đối đầu khi Last City được mệnh danh là mê cung nguy hiểm nhất và cũng là sào huyệt cuối cùng của W.C.K.D. Tại đây, sau khi giải mã được mê cung, cả nhóm sẽ có lời giải đáp cho tất cả những thắc mắc của mình từ trước đến nay, cũng như câu hỏi liệu Theresa có phải là kẻ phản bội?...

Thomas và các bạn chưa bao giờ hình dung điều gì ghê gớm hơn các thách thức đã gặp phải trong Mê cung. Nhưng họ đã lầm. Trí nhớ khiếm khuyết của họ khiến họ không biết đến những gì đã và đang diễn ra ở thế giới bên ngoài. Những thứ còn khủng khiếp hơn bầy Nhím Sầu, lắt léo hơn các ngóc ngách Mê Cung và tàn nhẫn hơn cả sự Biến Đổi. Liệu vai trò thật sự của nhóm Thomas trong toàn bộ chuyện này là gì? Sẽ thế nào nếu họ biết rằng còn có những Mê Cung khác ngoài nơi mà họ vừa thoát ra?...