Bối cảnh phim xảy ra trên con tàu Aegis hiện đại, trên tàu có đầy đủ lực lượng của Bộ quốc phòng cũng như của Lực lượng tự vệ bờ biển Nhật Bản. Ran bị đe dọa, và Conan bắt buộc phải đối đầu với một tên tội phạm nguy hiểm....

Conan và mọi người được mời đến tham gia buổi biểu diễn đầu tiên của nhà hát Doumoto. Sự hấp dẫn lớn nhất của buổi hòa tấu là cây đàn nổi tiếng thế giới Violon Xtract và khả năng đặc biệt của người ca sĩ có khả năng nghe hoàn hảo. Nhưng ngay sau đó, một vụ giết người hàng loạt xảy ra với nhiều cách thức. Tất cả nạn nhân đều là sinh viên của Học viên âm nhạc Doumoto và do 1 nhạc công piano nổi tiếng dạy. Conan sẽ làm thế nào để tìm ra hung thủ thực sự?...

Haibara đã bị Tổ chức Áo đen nghe lén những cuộc điện thoại và một trong những địa điểm mà Haibara sẽ có mặt là buổi khai trương được tổ chức tại tòa tháp đôi Tokyo cao nhất Nhật Bản. Chúng quyết định đặt bom tại đây để thủ tiêu Haibara đồng thời xóa sạch dữ liệu của tập đoàn xây dựng tòa tháp. Trong khi Conan chưa tìm ra được manh mối thì tòa tháp đôi đã bị đánh bom, hàng loạt vụ nổ xảy ra, tất cả chìm trong biển lửa mù mịt. Conan, Haibara và các bạn đã bị kẹt, không còn lối thoát và có nguy cơ bị lộ thân phận. Trong giờ phút sinh tử ấy, Conan đã nghĩ ra 1 kế hoạch điên rồ để cứu sống mọi người. Sự sống của cả nhóm đặt hết hy vọng vào kế hoạch ấy…...

Thanh tra Satou và Takagi trong một lần bắt truy bắt tội phạm và làm chúng bị thuơng, một trong số chúng trong cơn hôn mê đã nhắc đến đảo Koumi.Thật tình cờ, đó cũng là nơi mà Kogoro Mouri, Ran, Sonoko, cùng đội thám tử nhí nghỉ mát. Koumijima (Đảo Koumi) là một hòn đảo đẹp nằm trên biển Thái Bình Dương. Nơi đây có một truyền thuyết nói rằng có một ngôi nhà cổ nằm dưới đáy biển được gọi là "Biệt thự dưới đáy biển" cùng với 2 nữ cướp biển, "Anne Bonney" và "Mary Read", họ đã để lại số kho báu từ khỏang 300 năm trước.Ở nơi đó Conan đã gặp phải bọn săn lùng kho báu. Một trong những gã đó khi đang tìm kiếm "Biệt thự dưới đáy biển" thì bị cá mập tấn công rồi chết. Sau đó họ phát hiện rằng máu của cá đã được trét ......

Bộ phim hoạt hình thứ 9 của bộ truyện tranh Thám tử lừng danh Conan lấy bối cảnh trên một con tàu du ngoại sang trọng & đắt tiền. 15 năm trước, có một con tàu du ngoạn tên "Yashiromaru", được đóng bởi tập đoàn Yashiro, bị đắm khi đang thả buồm. Hiện tại, có một con tàu mới, chiếc "Saint Aphrodite", cũng được đóng bởi tập đoàn Yashiro. Conan, Sonoko & những người khác là khách mời trên con tàu ấy. Ngày thứ 2 trên con tàu, bà chủ của dòng họ Yoshiro được phát hiện bị giết trong căn phòng của bà ta. Ngay sau đó, chủ tịch của tập đoàn Yashiro cũng bị phát hiện mất tích. Ông ấy đã bị ném từ trên con tàu xuống biển. Có vẻ như thủ phạm của 2 vụ án là cùng 1 người. Tại bữa tiệc chào mừng, thám tử Kogoro đưa ra suy luận của ......

Tập phim lần thứ 23 sẽ lần đầu tiên đưa chân khán giả xuất ngoại trong lịch sử phim trinh thám Conan để đến với Đảo Quốc Sư Tử Singapore. Tại đây, một vụ án mạng đã xảy ra và hiện trường để lại là một tấm thẻ rướm máu có thông báo của Siêu Đạo Chích Kid. Mục tiêu lần này của Kid chính là báu vật trong truyền thuyết – viên đá Sapphire xanh ẩn dưới đáy đại dương. Tuy nhiên, cao thủ Karate mạnh nhất thế giới với liên tiếp 400 trận bất bại Kyogoku Makoto đã xuất hiện để ngăn chặn Kid. Vậy lý do Kid cũng đưa Conan đến Singapore là để làm gì? Cú đấm giết người bí ẩn đó là như thế nào? Âm mưu đen tối nào sẽ dần lộ diện?... Câu trả lời sẽ được bộ ba tam giác siêu ngầu Siêu Đạo Chích – Cao Thủ Karate – Thám Tử Lừng Danh giải đáp trong Thám Tử Lừng Danh Conan: Cú Đấm Sapphire Xanh...

Trong lần phá án này, nhiệm vụ của Conan là bảo vệ "Viên Đá Định Mệnh" trước lời thách thức của siêu trộm Kid. Trong buổi công diễn vở kịch cuối cùng, hắn hóa thân thành Shinichi và thản nhiên tới gần Ran. Mải tập trung vào mục đích chính, Conan bị mắc bẫy khi bị hắn đánh lạc hướng. Bởi Kid sẽ thực sự hành động trên chuyến bay của cô Juri tới Hakodate... Thảm họa xảy ra trên máy bay khi một hung thủ âm mưu giết cô Juri xuất hiện. Liệu mọi người có sống sót khi cả hai phi công bị nhiễm độc, máy bay đang rơi tự do? Conan có bắt được siêu trộm Kid và giao nộp hắn cho cảnh sát hay không?...

Conan bị vướng vào rắc rối của gia đình Mori. Murakami, kẻ tội phạm đã bị Mori tống giam nhiều năm trước nay được ra tù. Vì hận thù Mori mà dường như Murakami đang lần lượt gây ra các vụ thương tích và án mạng đối với những người thân thích của ông Mori. Bi kịch thảm sát liên tiếp xảy ra, liệu phán đoán của cảnh sát về hung thủ có đang đi đúng hướng? Conan sẽ làm thế nào để ngăn chặn cuộc đua giết người và tìm ra hung thủ thực sự?...

Một người đàn ông bí ẩn hỏi Kogoro để đến Yokohama. He asked Ran, Conan and the others go with him. Ông đã yêu cầu Ran, Conan và những người khác đi với anh ta. However, it was a trap, and Ran and the Detective Boys are taken as hostage. Tuy nhiên, nó đã là một cái bẫy, và Ran và Detective Boys được lấy làm con tin. The case that the mysterious man gave Kogoro must be solved within 12 hours, or else the bomb, hidden in VIP passes for an amusement park and worn by Ran and the others, will explode. Các trường hợp đó, người đàn ông bí ẩn đã Kogoro phải được giải quyết trong vòng 12 giờ, hoặc người nào khác quả bom, ẩn trong VIP qua cho một khu vui chơi và mòn của Ran và những người khác, sẽ phát nổ. The criminal also knows that Conan is Shinichi Kudo. tội phạm cũng biết rằng Conan là Shinichi Kudo. Heiji Hattori ......

Địa điểm lần này được đặt ở vùng biển gần đảo Hachijo-jima, Tokyo. Các kỹ sư từ khắp nơi trên thế giới đã tập hợp để vận hành toàn diện "Phao Thái Bình Dương", một cơ sở ngoài khơi để kết nối các camera an ninh thuộc sở hữu của lực lượng cảnh sát trên toàn thế giới. Một thử nghiệm về một "công nghệ mới" nhất định dựa trên hệ thống nhận dạng khuôn mặt đang được tiến hành ở đó. Trong khi đó, Conan và Đội thám tử nhí đến thăm Hachijo-jima theo lời mời của Sonoko và nhận được một cuộc điện thoại từ Subaru Okiya thông báo rằng một nhân viên Europol đã bị sát hại ở Đức bởi Jin của Tổ chức Áo đen. Conan lo lắng, lẻn vào cơ sở và phát hiện ra rằng một nữ kỹ sư đã bị Tổ chức Áo đen bắt cóc...! Hơn nữa, một ổ USB chứa một số thông tin nhất định mà cô ấy sở hữu lại lọt vào tay tổ chức... Một bóng đen cũng len lỏi vào Ai Haibara.....

Bộ phim xoay quanh việc Kaitou Kid tuyên bố trộm bức họa "Hoa hướng dương" nổi tiếng của Van Gogh. Rồi Conan cảm thấy hành động của tên Kid rất kì lạ, để khám phá ra sự thật sau hành động kì lạ đó, Conan cùng với nhóm cảnh sát truy bắt Kid... Từ đó Conan khám phá ra được rằng đó không phải là Kid, rất có thể là một kẻ mạo danh Kaitou Kid để hành động. Vậy bức tranh sẽ ra sao? Mục tiêu của Kid là bức tranh "Hoa hướng dương" nổi tiếng của Van Gohn. Tuy nhiên mọi chuyện không chỉ có vậy, Kid dường như đang chuẩn bị đẩy rất nhiều người vào nguy hiểm để đạt được mục đích của mình. Tại sao lại thế?...

Trong tập phim này, Shinichi nhận lời mời dự tiệc từ kiến trúc sư Teiji Moriya, người không hề biết cậu đã bị thu nhỏ thành Conan. Cùng lúc đó, một kẻ lạ mặt gọi điện thách thức cậu tìm ra những quả bom đang được đặt xung quanh Tokyo. Hai sự kiện này liệu có liên quan đến nhau? Mọi việc càng trở nên nghiêm trọng khi Ran bị mắc kẹt tại một trong những tòa nhà đã bị đặt bom. Liệu Conan có tìm ra hung thủ và cứu cô bạn mình khỏi khoảnh khắc sinh tử?...

Một vụ ám sát đã xảy ra trước mắt Conan. Nạn nhân là cảnh sát Narasawa Osamu hiện đang điều tra vụ án từ 1 năm trước. Quan sát thấy hung thủ cầm ô tay tay phải nên Conan suy luận ra hắn thuận tay trái. Ngay sau đó, vụ thứ 2 đã xảy ra. Người bị giết là cảnh sát Shiba Yoichiro bị bắn ở hầm gửi xe Midoridai. Dựa vào vỏ đạn thu ở hiện trường cảnh sát biết được hai cảnh sát bị giết cùng một khẩu súng. Liệu 2 vụ án này có liên quan đến nhau? Vụ án Narasawa và Shiba điều tra là gì? Thủ phạm vụ án 1 năm trước có liên quan đến 2 vụ án hiện tại không? Ai sẽ là mục tiêu tiếp theo của hắn?...

Một kẻ giỏi kiếm đạo liên tiếp gây ra 5 vụ án mạng làm xôn xao giới cảnh sát Tokyo. Theo lời mời, Conan cùng thám tử Mori đến đền Sanno để tìm pho tượng Như Lai đã bị đánh cắp 8 năm về trước! Tình cờ gặp lại Hattori, hai người bắt tay hợp tác phá án. Trong quá trình thu thập thông tin, Hattori giáp mặt hung thủ và bị đe dọa đến tính mạng. Sự xuất hiện của cô bé Kazuha, mối tình đầu của Hattori càng làm mọi việc trở nên rối rắm. Conan sẽ làm thế nào để tìm ra hung thủ và bảo toàn mạng sống cho Hattori và Kazuha?...

Phim hoạt hình Conan bắt đầu sau vụ việc xảy ra tại công viên giải trí nổi tiếng Tropical Land tại khu tàu lượn siêu tốc. Kudo đang điều tra một trong hai người đàn ông có vẻ ngoài khả nghi được cho là nghi phạm trong vụ việc. Anh ta bị tấn công bởi một trong số họ có mật danh là Gin và đồng đội của anh ta tên là Vodka. Sau khi đánh Shinichi, Gin đã đưa cho anh ta một loại thuốc mà sau này được gọi là APTX 4869 để giết anh ta. Trên thực tế, chất độc có một tác dụng phụ hiếm gặp, biến Shinichi từ một cơ thể trưởng thành thành một đứa trẻ thay vì giết chết. Sau sự cố quan trọng, Shinichi về nhà và lấy tên là Conan Edogawa sau khi bị người bạn thời thơ ấu Ran gây áp lực. Shinichi đã cố gắng che giấu danh tính bí mật của mình với những người anh quan tâm để điều tra về tổ chức Áo Đen....

Câu chuyện kể rằng, sau khi ma vương Hadlar bị đánh bại, những con quái vật được giải thoát khỏi hắn bắt đầu dời đến hòn đảo Delmurin để sinh sống trong hòa bình. Dai là cậu bé loài người duy nhất sống trên hòn đảo đó. Cậu được nuôi dưỡng bởi một quái vật tốt bụng Brass và luôn nuôi dưỡng ước mơ trở thành một anh hùng. Khi Hadlar được hồi sinh, Avan là một anh hùng kì cựu trước đó đã đến để huấn luyện cho Dai cho cuộc chiến sắp tới. Nhưng Hadlar sau khi hồi sinh đã trở nên mạnh hơn trước gấp bội, hắn tìm đến giết Avan. Để cứu những đồ đệ của mình, Avan đã sử dụng thần chú Self-Sacrifice nhưng không đủ để đánh bại Hadlar. Khi mọi Dai và đồng môn Pop của mình tưởng chừng như sắp tiêu đời, một dấu ấn xuất hiện trên trán của Dai, sức mạnh của cậu bỗng nhiên gia tăng bất ngờ, cuối cùng họ đã có thể chống lại Hadlar. Từ đó, hai người họ bắt đầu cuộc hành trình báo thù cho sư phụ Avan và mang lại hòa bình cho thế gian....