Bộ phim Thâm Cung Thần Bí xoay quanh những âm mưu và chính trị trong cung đình thời vua Kang Xi. Công chúa Yi Dan yêu Hoàng đế Kang Xi nhưng rời cung vì tội lỗi, để sinh ra Hàn Tương bị giết. Hàn Tương trở lại cung tìm sự thật và gặp nhiều khó khăn. Hoàng tử Gia Đài yêu cô mặc cho nguy hiểm, khiến câu chuyện trở nên hấp dẫn và phức tạp....