Một thập kỷ sau sự kiện trong phim X-Men: Cuộc chiến chống Apocalypse, nhóm X-Men đang theo đuổi những nhiệm vụ khó khăn hơn. Vào năm 1992, X-Men phản ứng với tín hiệu đau khổ từ tàu con thoi Endeavour, bị phá hủy nghiêm trọng bởi một năng lượng giống như ngọn lửa Mặt trời. Trong một lần trên vũ trụ, một cơn bão Mặt Trời đe dọa tính mạng của cả nhóm, khiến Jean Grey phải sử dụng sức mạnh để cứu mọi người. Nhưng, đồng thời, nó cũng làm cho Jean giải phóng một sức mạnh đáng gờm, Phượng hoàng Bóng tối....

Frank-nhà khoa học thiên tài cùng vị hôn thê Zoe và cộng sự đã tạo nên kỳ tích: họ đã tìm ra cách hồi sinh người chết. Sau thí nghiệm thành công nhưng trái phép trên động vật, họ sẵn sàng công bố phát minh vĩ đại này. Tuy nhiên, trưởng khoa của họ biết được những gì họ đã làm, ông ấy đã ngăn cản họ. Trong nỗ lực tái tạo thí nghiệm, Zoe đã thiệt mạng. Quyết tâm cứu người mình yêu, Frank thực hiện quy trình hồi sinh trên cô. Kì tích đã xảy ra: Zoe sống lại, nhưng ẩn chứa trong cô là một thế lực tà ác....