Một cuộc chiến mới lại bắt đầu với những người đột biến gien di truyền, cả tốt lẫn xấu khi tổng thống Mỹ bị ám sát tại Nhà Trắng. Magneto trốn thoát. Nhưng giờ, họ phải cùng hợp sức để chống lại một người: tướng William Stryker - người chủ trương tiêu diệt hết những người đột biến trên thế giới và Yuriko - một người đột biến luôn đối đầu với Wolverine......